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行政院環境保護署自104年5月1日起依水污染防治法徵收水污染防治費，以有效預防水污染情形，為順利於104年7月1日起全國繳費義務人繳交水污費，該署規劃由繳費義務人依「水污染防治費收費辦法」規定，填具水污染申報書及繳款書，並列印「水污染防治費繳費單」向中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納水污費；繳費方式計有至指定金融機構臨櫃繳費、便利商店繳費及其他金融機構臨櫃匯款等3種。為避免增加非前述指定通路，至其他金融機構繳納者，繳費義務人須自行負擔匯款費用，財政部特放寬繳費義務人得以金融機構收繳核章之證明作為其報稅支出，以落實簡政便民政策。

呼籲各繳費義務人於繳納水污費用時，其經指定金融機構、便利商店收款核章之繳費單或經依規定將款項匯入「水污染防治基金」帳戶之匯款單，得作為繳費義務人依所得稅法相關規定列報成本費用之憑證。