行政院環境保護署自104年5月1日起開徵水污染防治費，也就是通稱的水污費，營利事業繳納水污費，得憑金融機構收繳核章之證明列報成本費用。
水污費係分三個階段徵收，第一階段是自104年5月1日起，徵收對象為事業及工業區專用污水下水道系統，第二階段是於106年起，徵收對象為畜牧業，第三階段則於107年起，徵收對象為家戶、公共污水下水道系統、社區及其他指定地區或場所專用污水下水道系統。
水污費因屬公法上收取之費用，非罰鍰性質，因此，營利事業得列報為成本費用，但必須能提出繳納證明。
目前水污費之繳納方式有3種，包括至指定金融機構臨櫃繳費、便利商店繳費及其他金融機構臨櫃匯款等，營利事業可取具上開指定金融機構、便利商店收款核章之繳費單或經依規定將款項匯入「水污染防治基金」帳戶之匯款單，來作為營利事業列報成本費用之憑證。