營業人銷售免徵營業稅之貨物，除符合統一發票使用辦法第4條規定得免用或免開統一發票者外，仍應依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第32條第1項規定，開立統一發票交付買受人；進貨時，亦應依規定取得進項憑證。營業人如未依規定開立統一發票及取得進項憑證，是兩個獨立的行為，應分別依稅捐稽徵法第44條規定處罰，且分別適用同條第2項處罰金額最高不得超過100萬元上限之規定。
【舉例說明】
轄內乙公司於106年3月間向甲公司購進免徵營業稅之肥料，金額計2,300萬元，未依規定向甲公司取得進項憑證；同月將該批貨物銷售與丙公司，銷售額計3,000萬元，也沒有開立統一發票給丙公司。經該局查獲後，以該貨物雖係符合營業稅法第8條第1項第27款規定之免稅貨物，但並非統一發票使用辦法第4條規定得免開立統一發票之項目，所以乙公司未依規定取得進項憑證，且未依規定開立統一發票，應分別依稅捐稽徵法第44條規定各處罰鍰100萬元（進貨部分：2,300萬元×5%=115萬元；銷售部分：3,000萬元×5%=150萬元；處罰金額上限各為100萬元），合計處罰鍰200萬元。
經核定使用統一發票之營業人，購進貨物與銷售貨物係各自獨立的行為，應分別取得進項憑證及開立統一發票；營業人違反稅法規定時應分別依法處罰，不能因為是同一批貨物的進銷行為，就認定是一行為，只處一個行為罰。