各類所得之計算，係以各該類收入減除相關成本及必要費用後，即為所得額，於辦理綜合所得稅結算申報時，應分別填載收入總額及成本、必要費用以正確計算所得額，切勿將所得額填至總額欄位及勾選部頒費用率，以免重複列報費用，致遭補稅處罰。
依現行法令，綜合所得稅10類所得類別中，可減除相關成本及必要費用之所得類別，包括「執行業務所得」、「租賃所得及權利金所得」、「自力耕作漁牧林礦所得」、「財產交易所得」、「競技競賽及機會中獎之獎金或給與」及「其他所得」等6類所得，納稅義務人應核實減除相關成本及必要費用，明確臚列各項成本及費用明細並檢附相關單據，若無法覈實提供相關憑證，始能選擇財政部核定費用率標準，列報相關成本及必要費用。提醒納稅義務人需注意，覈實減除與按財政部核定標準列報成本及必要費用，僅能擇一適用，勿將已覈實計算之所得額，填入收入總額欄位，再次選擇財政部核定費用率標準，以免重複列報成本及必要費用，造成短漏報所得額，而遭補稅處罰。
【舉例說明】
甲君為駕訓班獨資負責人，該駕訓班104年度已依法設帳並保存憑證，且明確臚列各項成本及必要費用明細，即所得額申報方式係選擇依帳載數覈實申報，惟甲君於綜合所得稅結算申報時，未分別填載收入總額、成本及必要費用與所得額，卻逕將已覈實計算之所得額填載於「收入總額欄位」，於網路申報時，在所得格式欄項，又選擇「77駕駛訓練班〔費用率標準65%〕」，重複扣除65%成本及必要費用，致短報其他所得，除遭補徵稅額外，並按所漏稅額處0.5倍罰鍰。
納稅義務人檢視106年度綜合所得稅結算申報有前揭短漏報之情事，請儘速辦理更正申請，於未經檢舉、未經稅捐機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補報補繳所漏稅款並加計利息，得免予處罰。