符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」(以下簡稱免稅標準)第2條規定免稅要件之教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體)，於計算徵免所得稅時，應就相關成本、費用實際支出性質，劃分為與其創設目的有關活動之支出及銷售貨物或勞務之成本、費用，以免計算錯誤，導致補稅。
機關團體符合免稅標準第2條規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，依所得稅法第4條第1項第13款規定免納所得額;同標準第3條第1項規定，機關團體銷售貨物或勞務之所得，如銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出(以下簡稱不足支應數)時，得將該不足支應數扣除後，依法課徵所得額。
【舉例說明】
A協會105年列報銷售貨物或勞務以外之收入640萬元、與其創設目的有關活動之支出400萬元、銷售貨物或勞務之收入3,200萬元及銷售貨物或勞務之支出3,300萬元，列報本期餘絀數140萬元及課稅所得額0元，經查得列報銷售貨物或勞務之支出中，包含分攤與創設目的相關支出2,800萬元，係屬可合理明確歸屬於與創設目的有關活動之支出，應予以轉列，核定銷售貨物或勞務之支出為500萬元及與創設目的有關活動之支出3,200萬元，將不足支應數扣除後，核定本期餘絀數140萬元及課稅所得額140萬元，補徵稅額23萬餘元。
該協會雖主張銷售貨物或勞務之收入最終全數運用於設立宗旨之有關活動，故於計算銷售貨物或勞務支出時，可再依銷售貨物或勞務收入與銷售貨物或勞務以外收入比例分攤與創設目的有關活動之支出，惟經就所提示銷售貨物或勞務之支出暨與創設目的有關之支出各細項查核，其支出性質均係為執行章程訂定之任務而發生之費用，應屬可直接合理明確歸屬於與創設目的有關活動之支出，自無需再予分攤至銷售貨物或勞務收入（詳附表）。
依107年2月7日修正公布所得稅法規定，廢除兩稅合一部分設算扣抵制，改採股利課稅新制，自107年1月1日起，機關團體獲配股利或盈餘已非屬當然免稅收入，應計入銷售貨物或勞務以外之收入並依所得稅法及免稅標準規定徵、免所得稅，請多加留意。