納稅義務人取得大陸地區來源所得，應依規定併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅，其在大陸地區已繳納之所得稅額，得自應納稅額中扣抵；但扣抵數額不得超過因加計大陸地區來源所得，依臺灣地區通用稅率計算增加之應納稅額。
稽徵機關於結算申報期間提供納稅義務人查詢課稅年度所得資料之範圍，為扣繳義務人於法定期間內向稽徵機關申報之扣繳暨免扣繳憑單、股利憑單、緩課股票轉讓所得申報憑單、信託財產各類所得憑單及信託財產緩課股票轉讓所得憑單。而大陸地區來源所得非屬稽徵機關提供查詢之所得資料範圍，故納稅義務人如有大陸地區來源所得，應自行申報並併入當年度綜合所得總額。
【舉例說明】
納稅義務人李君105年度綜合所得稅結算申報，漏報大陸地區來源所得500萬餘元，經稽徵機關核定補徵應納稅額，李君雖採用網路申報方式辦理該年度綜合所得稅結算申報，惟該漏報之大陸地區來源所得並非稽徵機關應提供查詢之所得資料範圍，無稅務違章案件減免處罰標準之適用，故除補徵本稅外，另處以罰鍰。
納稅義務人及其合併申報之配偶及受扶養親屬，如發現有大陸地區來源所得漏未申報，在稽徵機關查核前，應儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報及補繳稅款，以免受罰。