房地合一所得稅制自105年1月1日實施迄今已逾5年，仍有部分民眾因不諳規定而申報錯誤或未依規定申報致遭處罰之情形，該局特別整理下列常見錯誤態樣，提醒民眾注意：
一、繼承或受贈取得成本申報錯誤：
繼承或受贈取得之房地，應以繼承或受贈時房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後之價值為取得成本。
二、未拆分共有房地之成本或費用：
共有人出售共有房地，共同負擔相關成本或費用，應按持分比例拆分成本或費用，以免虛報成本或費用。
三、誤認交換房地不用申報：
交換就是交易，交換房地不論有無收付價金，仍應申報房地合一所得稅；但如係個人以自有土地與營利事業合建分屋，以土地交換房屋，以及個人提供自有土地、合法建築物、他項權利或資金，依都市更新條例規定參與都市更新，或依都市危險及老舊建築物加速重建條例規定參與重建，以土地、合法建築物、他項權利或資金，交換房屋、土地，且均無因價差而收取價金之情形，即可免辦理房地合一所得稅申報。
四、誤認交易虧損不用申報：
依所得稅法第14條之5規定，房地交易所得或損失，不論有無應納稅額，都必須申報房地合一所得稅;但依同法第4條之5規定，交易符合農業發展條例第37條及第38條之1規定得申請不課徵土地增值稅的土地、被徵收或被徵收前先行協議價購的土地及其土地改良物、尚未被徵收前移轉依都市計畫法指定的公共設施保留地，可免納房地合一所得稅。
五、證明文件未備齊：
申報時應檢附買入及賣出的買賣契約書、收付價款證明、成本及必要費用相關合法支付憑證等，常有民眾列報扣除裝修費用，但僅提供估價單，未有合法支付憑證，以致稽徵機關無法核認。
納稅義務人有符合房地合一課稅範圍之交易所得或損失，不論有無應納稅額，均應於房屋、土地完成所有權移轉登記日之次日或房屋使用權、預售屋、符合一定條件股份或出資額交易日之次日起算30日內，自行填具申報書、檢附契約書影本或其他有關文件，向戶籍所在地國稅局辦理申報，若有應納稅額者，應一併檢附繳納收據，如應申報而未申報，將會被處以罰鍰，請民眾特別留意。