依所得稅法第4條第1項第13款規定，教育、文化、公益、慈善機關或團體符合教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅標準)規定要件者，除銷售貨物或勞務之所得應依法課徵所得稅外，其餘所得免納所得稅。該等機關團體辦理營利事業所得稅結算申報，其「銷售貨物或勞務」部分如有虧損，當年度及以後所得年度均符合會計帳冊簿據完備及經會計師查核簽證申報之要件，該虧損得自以後10年度銷售貨物或勞務部分之所得中扣除。至其「非銷售貨物或勞務」部分之虧損，則不得自以後年度所得額中扣除，但可自當年度「銷售貨物或勞務」部分之所得中扣除。
機關團體常誤以為以前年度核定之全部虧損額，均可自以後年度所得申報扣除，並未區分虧損係源自於「銷售貨物或勞務」或「非銷售貨物或勞務」，此外，機關團體亦常因虧損及申報扣除年度並未委請會計師查核簽證申報，致未符合所得稅法第39條第1項盈虧互抵之規定，而影響課稅所得額及應納稅額計算之正確性。
【舉例說明】甲機關團體108年度經會計師查核簽證申報之餘絀數為虧損250萬元，包含「銷售貨物或勞務」虧損100萬元及「非銷售貨物或勞務」虧損150萬元；109年度經會計師查核簽證申報之餘絀數為所得500萬元，包含「銷售貨物或勞務」所得300萬元及「非銷售貨物或勞務」所得200萬元，因甲機關團體109年度符合免稅標準規定，僅需就「銷售貨物或勞務」之所得課徵所得稅，故其109年度課稅所得額為200萬元（109年度銷售貨物或勞務所得300萬元-108年度銷售貨物或勞務虧損100萬元），應納稅額為40萬元（200萬元×稅率20%)。
機關團體依所得稅法第39條第1項但書規定申報盈虧互抵時，請注意相關規定，以免申報錯誤而影響自身權益。