公司將已發行公司股票買回，再按約定價格轉讓與員工者，該項轉讓核屬買賣有價證券行為，應依證券交易稅條例規定，課徵3‰證券交易稅。
證券交易稅係向出賣有價證券人課徵，由代徵人於每次買賣交割之當日，按規定稅率代徵，並於代徵之次日填具繳款書向國庫繳納，有價證券如係由持有人直接出讓與受讓人者，其代徵人為受讓人。公司辦理庫藏股轉讓予員工，其代徵人為員工；為便利代徵繳納證券交易稅作業，如認購庫藏股之員工人數眾多，可由公司向受讓員工戶籍所在地國稅局申請彙總繳納稅款，再將媒體申報檔案、繳款書影本及證券交易明細資料清冊等提供予各所轄國稅局，以節省人力、物力及縮短處理時程。