依所得稅法第39條規定,以往年度之營業虧損,不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業,會計帳冊簿據完備,虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證,並如期申報者,得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損,自本年純益額中扣除後,再行核課。此外,依據財政部相關函令規定,其他具有獨立法人格之組織,例如合作社、依有限合夥法設立登記之有限合夥,以及屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體之銷售貨物或勞務所得,如符合所得稅法第39條但書規定者,亦可比照公司組織之營利事業,適用前10年虧損扣除之規定。
適用盈虧互抵應符合四大要件,也就是:1.公司組織之營利事業或其他具有獨立法人格之組織。2.會計帳冊簿據應完備。3.虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證。4.如期申報。

營利事業適用盈虧互抵,除須符合法令規定之要件外,並應注意三大重點。首先,適用扣抵之前10年內各期虧損必須是經稽徵機關核定之虧損,而不是帳載或申報虧損;再者,各該虧損年度如有依同法第42條規定不計入所得額之投資收益應先行減除核定虧損,以餘額適用盈虧互抵;此外,應注意虧損及申報扣除年度如有涉及短漏報所得額情事,亦須符合情節輕微者,方可適用扣抵。情節輕微之核認,係按虧損及申報扣除年度經稽徵機關查獲短漏報所得額,依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣10萬元,或短漏之所得額占核定全年所得額或核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例不超過5%,且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者,視為短漏報情節輕微(詳附表)。

營利事業申報前10年虧損扣除額時,應注意相關規定,依法適用盈虧互抵,以免遭調整補稅並加計利息。