為紓緩嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19) 疫情對國內整體經濟的衝擊，並協助發生營運困難之營業人度過難關，財政部發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則（以下簡稱審核原則）」，該局依審核原則，本著「申請從簡、認定從寬、核退從速」，辦理營業人申請退還溢付稅額作業，經統計截至109年8月14日止已核退營業人家數948家、核退稅額合計2.04億元，分別占全國已核退營業人家數及稅額之比率為36.03%及36.26%，其中以批發及零售業居多。
依加值型及非加值型營業稅法第39條第2項規定，營業人申報同條第1項規定以外之營業稅溢付稅額，應留抵次期應納營業稅，但情形特殊者得報經財政部核准退還，考量營業人受疫情影響發生營運困難，如需逐案報部恐影響其資金運用效率，因此財政部發布審核原則只要符合一定條件者（如附表），即得於申請期間內（109年5月13日至110年6月30日止)檢具申請書及相關證明文件，向所在地國稅局申請退還帳列營業稅溢付稅額，各地區國稅局依審核原則累計最高退還30萬元，免逐案報經財政部核准，以加速核准退還營業人之溢付稅款，增加其可支用之營運資金。
經受理後仍有少數營業人未符合條件，主要係因其帳上無溢付稅額可供退還，或未能提示經主管機關紓困等受疫情影響之證明文件，致未能核准退還，該局籲請營業人申請前先自行檢視，如符合審核原則規定，申請時可利用金融機構帳戶直撥退稅方式退稅，以加速取得退稅款，倘需進一步瞭解相關作業，該局及所屬單位均設有專人諮詢窗口，提供相關服務，相關資訊可至該局網站(https://www.ntbna.gov.tw)「安心防疫線上服務專區 」項下「營業人受疫情影響申請退還營業稅溢付稅額專區」查詢。