營利事業以房地、有價證券或期貨買賣為業者，其免稅所得之計算，應依財政部訂定之「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」規定分攤其相關之成本、費用或損失。
依所得稅法第24條第1項規定，營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，惟營利事業如以房地、有價證券或期貨買賣為業者，其所得包括應稅所得及免稅所得，在申報年度營利事業所得稅時，應按前揭分攤辦法規定，依收入類別，先就可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，作個別歸屬認列，無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，再依規定進行分攤。
營利事業在計算無法直接歸屬至免稅收入之營業費用及利息支出時，常以當年度各免稅收入淨額占全部營業收入淨額及非營業收入合計數之比例為基準，卻未將屬所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之股利或盈餘計入分攤基礎中，造成漏報應稅所得之情形。
【舉例說明】甲建設公司申報106年度營利事業所得稅時，應稅收入包括出售房屋收入、管理費收入及利息收入等，免稅收入列報出售土地收入，且已分攤計算屬出售土地收入應分攤之營業費用及利息支出約2,800萬元，經該局查核發現，甲公司該年度取得投資國內營利事業現金股利約2,700萬元，卻未列入免稅收入分攤計算，致全部免稅收入淨額占全部營業收入淨額及非營業收入合計數之比例錯誤。經重新計算後，調整免稅收入(包括出售土地收入及股利收入，免稅比例由56.65%調增為58.66%)應分攤之營業費用及利息支出金額為3,030萬元，並核定增加課稅所得額230萬元。
營利事業如屬以房地、有價證券或期貨買賣為業者，在申報免稅所得時，應依規定分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，分攤比例應以全部收入為基礎，包括應稅收入、未計入課稅所得額之土地交易收入、證券交易收入、期貨交易收入、股利及其他免稅收入，以正確辦理營利事業所得稅申報。