營業人承包工程因施工延誤，致發包人依工程合約對承包人處以罰款，承包人應按工程款開立發票報繳營業稅，不得以工程款抵付逾期罰款後之淨額開立統一發票。
依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第16條第1項規定，銷售額為營業人銷售貨物或勞務所收取之全部代價，包括營業人在貨物或勞務價額外收取之一切費用，並應依同法第32條第1項規定，依營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付買受人。包作業承包工程，依「營業人開立銷售憑證時限表」規定，應依「工程合約所載每期應收價款時」開立統一發票，若發生逾期完工而被處罰款情事，依財政部75年7月26日台財稅第7555737號函規定，被處罰款與依限開立發票係屬二事，不得以工程款抵付逾期罰款而以淨額開立統一發票，仍應就承包工程原應收取之工程款開立統一發票。
【舉例說明】甲公司承包乙公司發包土木工程，並按工程進度撥付工程款，工程尾款（含稅）為84萬元，因甲公司施工進度落後致逾工程合約之完工期限始完工，乙公司依工程合約向甲公司收取罰款21萬元，甲公司以工程尾款扣除罰款後之實際收款金額63萬元（84萬元-21萬元）開立統一發票並報繳營業稅，經稽徵機關查核發現甲公司短漏報銷售額20萬元，予以補徵稅額1萬元（20萬元×5%），並裁處罰鍰。
請營業人務必自行檢視，如因一時不察，有短漏開立統一發票、短漏報銷售額情事者，在未經檢舉及稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動補報補繳所漏稅款並加計利息者，可免除逃漏稅之處罰。