財政部發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則」(下稱審核作業原則)，以利協助受疫情影響發生營運困難之營業人，依加值型及非加值型營業稅法(下稱營業稅法)第39條第2項但書規定申請退還溢付稅額。
營業稅法第39條第2項規定，營業人申報銷售適用零稅率貨物或勞務、取得固定資產及因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得報經該部核准退還。為協助營業人申請退還溢付稅額，並簡化作業程流，該部特訂定審核作業原則，授權各地區國稅局從寬協助處理，毋須逐案報經該部核准，其適用範圍及內容說明如下：
一、期間：嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例(下稱紓困特別條例)施行期間(109年1月15日至110年6月30日)。
二、對象：紓困特別條例施行日營業稅稅籍狀況為營業中之營業人。
三、條件：經中央目的事業主管機關依紓困特別條例第9條第3項所定紓困振興或補償紓困辦法，提供紓困相關措施或其他受疫情影響，致短期間內營業收入驟減(例如自109年1月起任連續2個月，其平均營業額較108年12月以前6個月或前1年同期平均營業額減少達15％)。
四、限額：依審核作業原則退還之營業稅溢付稅額累計以新臺幣30萬元為限；溢付稅額尚有餘額者，應留抵應納營業稅。
五、申請方式：應於期間內檢具申請書及相關證明文件向所在地國稅局提出。
為提高營業人資金運用效率，維持正常營運，各地區國稅局將本「申請從簡、認定從寬、核退從速」原則辦理本項措施，該措施之相關規定、申請流程及申請書格式(如附件)，可至該部網站「財政部因應嚴重特殊傳染性肺炎專區」(https://www.mof.gov.tw/covid19)，項下之「稅務協助度難關」查詢或下載運用，