為因應嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情對國內經濟、社會之衝擊，及時協助納稅義務人減輕繳稅負擔或延長申報繳納期限，該部透過津貼免稅、虧損扣除、提前退稅、主動減稅及紓困緩稅等五大面向11項稅務協助，與納稅義務人相挺抗疫度難關，重點如下：
一、津貼免稅
機關（構）、事業單位、學校、法人、團體及個人因受嚴重特殊傳染性肺炎影響，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，免納所得稅。財政部業擬具「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」(以下簡稱紓困特別條例)第9條之1修正草案，於109年4月2日經行政院院會通過函送立法院審議。
二、虧損扣除
營利事業營業收入減少，其營利事業所得額亦將減少，當年度如為虧損，符合所得稅法第39條盈虧互抵要件，該虧損可於以後10年內扣除，減少相關年度應納稅額。
三、提前退稅
108年度綜合所得稅結算申報第1批退稅案件，提前1個月於109年6月30日退稅，有助納稅義務人於疫情期間獲得更多資金運用，減輕民眾經濟壓力。經參考107年度綜合所得稅首批退稅件數及金額估計，約有294萬戶適用，退稅金額約新臺幣(下同)455億元。
四、主動減稅
(一)給付員工防疫假等相關假別薪資費用加倍減除
機關（構）、事業單位、學校、法人、團體給付其員工依規定申請防疫隔離假或依中央流行疫情指揮中心所為應變處置指示而得請假期間之薪資，提供得就該給付薪資金額之200%，自申報當年度營利事業所得稅之所得額中減除之租稅措施。
(二)覈實調減查定課徵營業人查定銷售額及營業稅額
財政部各地區國稅局於中央流行疫情指揮中心成立期間，主動依規定視營業人實際營業情形，覈實調減其查定銷售額及營業稅額，最低可免繳稅。截至109年3月31日已調減48.2萬餘家營業人之查定銷售額及營業稅額，預估109年1月至3月共調減營業稅額1.9億餘元。
(三)車輛停止使用期間免徵使用牌照稅
交通工具所有人或使用人對已領使用牌照之交通工具，不擬使用者，可向交通管理機關申報停止使用，其已使用期間應納稅額，按其實際使用期間之日數計算，交通工具已申報停止使用期間免徵使用牌照稅。截至109年4月6日各地方稅稽徵機關辦理免徵車輛30,582輛；稅額2.9億餘元。
(四)交通部補貼營業用車輛使用牌照稅50%
交通部補貼受疫情影響之遊覽車客運業及小客車租賃業109年上、下期營業車輛使用牌照稅50%，並自應納稅額減除。按財政部財政資訊中心及各地方稅稽徵機關統計資料，預估109年補貼車輛154,459輛；補貼金額5.3億餘元。
(五)降低營利事業停業或營業面積減少之房屋稅
受疫情影響，飯店未使用樓層、營利事業停業或營業面積縮減，各地方稅稽徵機關可依據屋主申請，由營業用稅率3%改按非住家非營業用稅率2%或其他住家用稅率課稅，降低房屋稅負擔。截至109年4月6日各地方稅稽徵機關受理核定飯店申請降低109年期房屋稅計300件，稅額3,879萬餘元。
(六)娛樂業者可按比例核減查定稅額
查定課徵之娛樂業者，受疫情影響無營業或營業收入降低，可向地方稅稽徵機關申請准予扣除未營業之天數或未使用之娛樂設施按比例核減查定稅額。截至109年4月6日止，申請查定課徵之娛樂業者989件，減少查定課徵娛樂稅額約736萬餘元。
五、紓困緩稅
(一)主動公告延長109年3月至5月各類稅目申報繳納期限
納稅義務人；扣繳義務人、營利事業之負責人、主辦會計人員或受委任辦理申報之代理人等，因接受隔離治療、隔離或檢疫等事由影響，無法於法定期間內完成申報繳納稅捐，得延長申報及繳納期限；於展延申報繳納期限屆滿時，仍接受隔離治療者，其申報繳納期限自隔離治療結束之次日起展延20日。
(二)從寬受理納稅義務人延期或分期繳納稅捐
財政部已於109年3月19日發布解釋，對於納稅義務人於紓困特別條例施行期間(109年1月15日至110年6月30日)，因受疫情影響致無法於規定繳納期間內繳清稅捐者，申請延期或分期繳稅之案件，不受應納稅額金額多寡限制，延期期限最長1年，分期最長可達3年(36期)。
此外為及時協助納稅義務人辦理延期或分期繳納稅捐，並加速稅捐稽徵機關審核作業流程，財政部於109年3月25日訂定審核原則：
1.在上開條例施行期間內，納稅義務人經各中央目的事業主管機關依該條例第9條第3項所定紓困振興或補償紓困辦法規定，提供紓困相關措施，或個人因所服務企業受疫情影響向勞工行政主管機關通報實施減班休息者，稅捐稽徵機關將依納稅義務人申請之延期期限或分期期數核准。
2.非屬上開情形之納稅義務人，因受疫情影響，致短期內收入驟減者，其申請延期期限或分期期數，稅捐稽徵機關一定會從寬協助辦理。
截至109年4月6日已受理申請延期繳納54件，應納稅額5,673萬餘元；分期繳納80件，應納稅額8,038萬餘元。