兩家以上營業人合資從事購買或銷售貨物或勞務，依財政部106年11月17日台財稅字第1060452310號令釋規定，可選擇由各營業人分別按分攤比例自供應商取得進項憑證及開立統一發票予買受人；或經所有營業人同意，由主辦營業人代表取具進項憑證及開立統一發票，按月於每月月底彙總進、銷項憑證資料依分攤比例，分別開立統一發票交付其他合資營業人作為進項憑證，及自其他合資營業人取得統一發票。前揭進銷分攤比例係指合資營業人之出資比例，且上開兩種方式同一合資案經自行選定擇一辦理後，未經所在地主管稽徵機關核准，不得變更。
【舉例說明】邇來查獲甲公司與乙公司簽訂合作經營協議書，約定出資比例為75%:25%，並以甲公司名義承攬政府公共工程之監造技術服務工作及對外執行業務。嗣工程完竣經結算工程總金額計1,200萬元，由甲公司開立統一發票向委託人請領工程款，並由乙公司依分攤比例開立統一發票向甲公司請款並取得工程收入300萬元；另結算案關工程進項總金額計1,000萬元，由甲公司取具進項憑證並申報扣抵銷項稅額；然甲公司卻未依分攤比例開立統一發票250萬元交付乙公司作為進項憑證，甲公司違章事實明確，除核定補徵應納營業稅額外，另裁處罰鍰；至乙公司亦因涉有未依規定取得進項憑證，依稅捐稽徵法第44條規定按查明認定之總額250萬元處5%罰鍰。
合資從事購買或銷售貨物或勞務之營業人，儘速檢視有無依分攤比例取得及開立合資案件之進銷憑證，在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向所在地稽徵機關補報並補繳稅款及依規定加計利息，可依稅捐稽徵法第48條之1規定免予處罰。