扣繳義務人給付退休或被資遣員工的退職所得，應按給付額減除定額免稅額後的餘額，再依各類所得扣繳率標準規定的扣繳率，辦理扣繳及申報。惟大部分民眾於報稅時會將扣繳憑單上之金額再自行減除免稅額後列報，而造成短漏報所得。
【舉例說明】納稅義務人甲君辦理105年度綜合所得稅結算申報，列報取自A公司退職所得300餘萬元，經該局依扣繳憑單給付總額核定為700餘萬元，除補稅外並處罰鍰。甲君不服，主張依過往申報經驗，收入可減除成本費用後再申報，誤以為扣繳憑單所載之給付總額700餘萬元，尚未扣除定額免稅金額云云；申經復查結果，該局以綜合所得稅係採自行申報制，其未就實際所得申報，逕就扣繳憑單給付總額重複減除定額免稅額，致漏報所得，核有過失為由，予以復查駁回確定在案。
退職所得不像執行業務所得、租賃所得或其他所得，須由納稅義務人自行減除費用，扣繳單位依所得稅法規定核算員工之退職金時，所開立扣繳憑單之所得總額，已將該員工所領取給付之定額免稅部分減除，故納稅義務人應依扣繳憑單或於綜合所得稅申報期間利用電子憑證查詢、下載之所得資料或向稽徵機關辦理臨櫃查詢之所得資料所載之給付總額列報退職所得，不得再計算及減除定額免稅，以免漏報遭處罰。