依所得稅法第3條第2項規定，營利事業總機構在中華民國境內者，應就其境內外全部營利事業所得合併課徵營利事業所得稅，但其來自境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得自全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額，並依所得來源國實際繳納稅款日之匯率換算為新臺幣。
【舉例說明】日前查核轄內甲公司106年度營利事業所得稅結算申報案件，發現該公司列報鉅額投資收益約24億元及境外已繳納稅額可扣抵國內之應納稅額9千餘萬元，經核甲公司已取具所得來源國稅務機關發給之納稅憑證，且未超過所得稅法第3條第2項規定之扣抵限額，惟並非以實際繳納稅款日之匯率計算，經該局按實際繳納稅款日之匯率重新核算調減可扣抵之稅額後予以補稅約300萬元。
公司於申報適用境外稅額扣抵時，應備妥相關納稅憑證，並以取得境外收入減除相關成本費用後之所得為計算基礎，按實際繳納稅款日之匯率進行換算，在不超過因加計國外所得依國內適用稅率計算增加之應納稅額限額內申報扣抵，以免申報錯誤，影響自身權益。