為保障納稅者權益，對各項稅捐的核課，均會就納稅人有利、不利事項一併注意調查及審酌，以達課稅公平合理之目標。
依所得稅法第39條規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將國稅局核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除。惟虧損年度若經國稅局查獲有短漏所得額，須依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣10萬元，或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免認定為會計帳冊簿據不完備，仍准適用上述盈虧互抵之規定。
【舉例說明】甲公司103年度營利事業所得稅結算申報列報扣除以前年度(102年度)之虧損數96萬元，惟查核發現該公司虧損年度(102年度)短漏報所得額69萬元，依稅率17%計算，其漏報稅額已超過10萬元，且占重行核定該年度可供以後年度扣除之虧損金額27萬元之比例亦超過5%，依上揭規定，遂認定其虧損年度之會計帳冊簿據不完備，否准適用盈虧互抵，予以補稅16萬餘元。甲公司不服，申請復查，主張因近年來電商交易興起，實體商店經營不易，無力再負擔額外稅捐，惟並未提示相關帳證供核。該局復查員審理時為瞭解該公司所經營行業於網路市場之交易情況，遂主動上網查詢網站資料，卻意外發現甲公司實際營業項目之行業別應為「視聽設備零售業」，依財政部頒定同業利潤標準毛利率為18%，低於甲公司虧損年度(102年度)自行申報之行業代號「電腦設備零售業」毛利率21%，遂主動通報原查改以實際經營之行業代號同業利潤標準毛利率重行核定，重核後該年度漏報所得額為28萬元，按正確行業別毛利率計算之漏稅額未超過10萬元，得視為短漏報情節輕微，可免按會計帳冊簿據不完備論處，亦即該公司仍享有盈虧互抵之適用，該局准予追認以前年度(102年度)之虧損扣除額，大幅減輕甲公司之稅捐負擔。
公司組織之營利事業，應依商業會計法及稅法相關規定設置帳冊，依法給與並取得憑證，且須於法定期限誠實辦理申報，以免因違反稅法規定，致無法享有盈虧互抵之優惠。