為鼓勵本國產業提升自主研發能力，以充實本國產業之軟實力，促進產業創新，最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，經中央目的事業主管機關（如經濟部工業局）認定符合高度創新者，符合規定之支出得抵減應納營利事業所得稅額。
公司或有限合夥事業於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，得選擇以「抵減率15%、抵減年限1年」或「抵減率10%、抵減年限3年」方式，於不超過當年度應納營利事業所得稅額30%限額內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，抵減方式一經擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。該局特別整理下列常見申報研究發展支出項目之規定要件(如附表)，提醒納稅義務人注意。
【舉例說明】甲公司106年度營利事業所得稅申報研究發展支出6千餘萬元及投資抵減稅額9百餘萬元，查核發現該研究發展支出包含行政人員薪資1百餘萬元及全新儀器設備之購置成本2千餘萬元，因行政人員未實際從事開發或設計新產品等研究發展活動，及全新儀器設備與充實產業軟實力無關連性，且非屬消耗性器材、原料、材料及樣品之研究發展支出項目，該等支出不符合規定否准認列，予以補稅3百餘萬元。