境外資金匯回管理運用及課稅條例自108年8月15日起施行2年(108年8月15日至110年8月14日)，申請適用者可自行指定受理銀行後向國稅局提出申請，國稅局將與受理銀行進行聯合審查，國稅局僅就適用資格審查，於受理之日起算3個工作日內，即將申請人所附有關洗錢防制及資恐防制資料送交指定受理銀行審查，申請人免奔波，審查結果由國稅局一併函復申請人。
屬個人匯回部分，國稅局僅就是否為我國境內居住者進行審查，申請時需檢附身分證明文件；營利事業為總機構在我國境內者，國稅局將就營利事業與境外轉投資事業登記資料、營利事業對境外轉投資事業具控制能力或重大影響力證明文件、該境外轉投資事業最近一年度財務報表及股東會或董事會決議盈餘分配議事錄審理。經核准適用專法之資金，依專法規定課稅後，即已完納所得稅，申請人無須擔心稽徵機關查課該筆匯回資金之所得稅問題。
可申請適用本條例之境外範圍包含大陸地區。在108年8月15日至109年8月14日間匯回者，稅率8%；在109年8月15日至110年8月14日間匯回者，稅率10%。因專法核定自本年度8月15日實施，部分營利事業境外轉投資事業已於上半年分配盈餘，未及適用本條例，如仍有盈餘可於109年8月14日前決議分配匯回，可適用較優惠稅率，如進行實質投資完成，尚可退還一半稅額，實質稅率降為4%或5%。
個人或營利事業選擇適用境外資金匯回專法經該局核准匯回資金後，即應依專法相關規定運用。