為精進營利事業電子化稅務環境及提升稽徵機關便民服務效能，財政部訂定「營利事業提示帳簿資料電子檔作業要點」，自106年1月1日起生效。營利事業所得稅申報調帳查核案件，除會計師簽證申報案件/教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織申報案件/決算申報案件/清算申報案件等4類外，其餘均得採網路或媒體提示帳簿資料電子檔案。
營利事業可至財政部電子申報繳稅服務網站(https://tax.nat.gov.tw/)點選「營利事業電子帳簿上傳系統」下載軟體，透過網路上傳營利事業基本資料表及帳簿資料，經檢核無誤後，列印收執聯確實保存，或採媒體遞送帳簿資料光碟，先以審核程式審核無誤並自行列印外標籤後，再向稽徵機關送達。
營利事業採用網路或媒體提示電子帳簿後，紙本帳簿仍應依「稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法」第25條至第28條規定妥善保存，備供查核。而且稽徵機關或財政部指定之調查人員依法進行調查時，如須複印憑證及有關文件，營利事業仍應負責免費複印提供。