醫院、診所、療養院提供醫療勞務、藥品、病房住宿及膳食所取得之收入，依加值型及非加值型營業稅法規定免徵營業稅；惟醫療院所將所有房屋出租收取租金，因非屬提供醫療勞務範疇，無免稅規定之適用。
【舉例說明】甲醫院101年7月至107年4月間將所有建物部分樓層出租予乙護理之家，除每月收取房屋租金550,000元外，另收取醫療資源使用費及經營權利金計100,000元，因這些項目均非屬醫療勞務，不符合免徵營業稅規定，該醫院銷售應稅勞務未依規定申請稅籍登記擅自對外營業，漏報銷售額計3,800萬餘元，逃漏營業稅190萬餘元，除對該醫院補徵應納營業稅額外，並依法裁處罰鍰。
公、私立醫療院所如將財產出租機關團體、營業人或金融機構等使用收取租金，非屬銷售醫療勞務，應依法申請稅籍登記並報繳營業稅，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向所在地稽徵機關補報並補繳稅款及依規定加計利息，可依稅捐稽徵法第48條之1規定免予處罰。