營利事業若因遭受不可抗力之災害，致帳簿憑證滅失，應於事實發生後之次日起30日內，檢具清單及證明文件，報請稽徵機關派員勘查或提出確實證據證明其損失，經查明屬實者，得依前3年度核定純益率之平均數，核定滅失憑證所屬期間的所得額，未符合規定者則依同業利潤標準核定。
營利事業設置的帳簿及會計憑證，依規定應至少分別保存10年及5年。惟帳簿如果因為有不可抗力的災害導致滅失者，若為當年度使用之帳簿，得報經稽徵機關核准另行設置新帳，依據原始憑證重行記載，依法查帳核定。至於當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證滅失者，稽徵機關得依該事業前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定滅失期間之所得;但申報之純益率若尚未經稽徵機關核定，則得以申報數為準，待稽徵機關核定時，再按核定數調整之。
【舉例說明】甲公司105年度營利事業所得稅，經稽徵機關發函通知提示帳證供核，逾期未提示，稽徵機關即依所得稅法第83條及同法施行細則第81條規定，按同業利潤標準核定其所得額。甲公司不服，申請復查，主張因前負責人蓄意佔有帳簿憑證，已向法院上訴中，應依營利事業所得稅查核準則第11條第2項，按前3個年度核定純益率之平均數核定其所得額，惟查營利事業所得稅查核準則所稱不可抗力之災害係指因遭受如所得稅法施行細則第10條之1第1項規定之地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等，以致滅失者，方可適用，甲公司主張無法提示之理由為帳證遭前負責人惡意佔有，非前揭法條規定可適用之範圍，尚難援引，爰復查予以駁回。
營利事業依規定應保存帳簿憑證，俾供稽徵機關查核，若有因不可抗力的災害以致滅失者，則應於規定期間內向主管稽徵機關報請派員勘查或提示確實證據證明其損失，否則將依查得資料或同業利潤標準核定所得額，為維護自身權益，請多加注意。