經查獲營業人短漏報銷售額，於查獲後始提出合法進項憑證者，稽徵機關於核算漏稅額時，該進項稅額不得自當次查獲短漏報之銷項稅額中扣抵。
依財政部89年10月19日台財稅第890457254號函釋意旨，加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第35條第1項規定，營業人不論有無銷售額，應按期填具申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額；準此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以已申報者為前提，營業人於經查獲違章漏稅後始提出合法進項憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時，不宜准其扣抵銷項稅額。該函釋業經司法院釋字第660號解釋尚無牴觸憲法第19條之租稅法律主義。
【舉例說明】甲公司銷售房屋漏開房屋款發票，銷售額200萬元，銷項稅額10萬元。經函查後，甲公司始提出前有委託房仲業者銷售該房屋，取得仲介費發票銷售額20萬元，進項稅額1萬元。甲公司主張因尚未申報該張發票進項稅額扣抵銷項稅額，故漏稅額之核算應以9萬元(即10萬元減除1萬元)，為補稅及裁罰基礎云云。惟查，甲公司係經查獲短漏報銷售額始提出進項憑證，於計算漏稅額時，自不得扣抵銷項稅額，仍應按漏稅額10萬元補稅並裁罰。惟甲公司取得仲介費之統一發票，如符合營業稅法第33條規定之憑證且無同法第19條規定不得扣抵之情事者，仍得於同法施行細則第29條規定之期限內申報進項稅額扣抵當期銷項稅額。
營業人銷售貨物或勞務時，應誠實開立統一發票及報繳營業稅。又營業人之進項稅額准予扣抵或退還，係以已申報者為前提，如經查獲後始提出，縱為合法進項憑證，仍不准扣抵當次查獲短漏報之銷項稅額，營業人應依規定申報，以維自身權益。