我國個人及企業可透過所得稅協定「相互協議程序」（Mutual Agreement Procedure）機制，確保在我國及協定夥伴國享有所得稅協定效益。
經濟合作暨發展組織（OECD）於104年發布防止稅基侵蝕及利潤移轉（BEPS）15項行動計畫成果報告，嗣將行動計畫14「提升爭議解決機制之效率」列為最低標準之一，目標係以及時、有效且具效率方式解決所得稅協定爭議。我國現行生效32個所得稅協定均訂有「相互協議之程序」條文，自97年迄今已與11個協定夥伴國（包括日本、荷蘭及英國等）之主管機關商議32件所得稅協定適用案件，類型包括關係企業間利潤分配或歸屬爭議3件、申請簽署雙邊預先訂價協議15件，及適用或解釋所得稅協定爭議14件。另為符合前述最低標準，我國於107年6月25日依OECD同儕檢視項目（terms of reference）訂定「適用所得稅協定相互協議程序作業要點」，明定處理是類案件時程、申請人應備之文據及達成決議之執行等規定。
相互協議程序不僅可提升爭議解決效率，亦有助增進租稅確定性。例如我國納稅義務人甲君赴締約他方工作，同時構成我國及締約他方之稅務居住者，雙方主管機關可透過相互協議程序判定甲君於適用協定之單一居住者身分，避免締約雙方重複課稅；又如跨國關係企業可向雙(多)方主管機關申請，就未來數年之受控交易簽署雙(多)邊預先訂價協議，皆可有效提升租稅確定性，避免所得稅重複課稅。
致力及時解決所得稅協定爭議已成為國際共識，籲請我國納稅義務人善加利用相互協議程序管道，財政部將積極與締約他方溝通，協助納稅義務人解決問題。相關資訊（包括法規、申請書表及流程圖）參考財政部網站相互協議程序專區（路徑：財政部首頁>服務園地>國際財政服務資訊>相互協議程序），請多加利用。