依所得稅法第4條之1及第4條之2規定，證券及期貨交易所得均停止課徵所得稅，惟營利事業於辦理所得基本稅額申報時，仍應將證券及期貨交易所得列入基本所得額計算課徵基本稅額。
所得基本稅額條例制定目的，係為維護租稅公平，確保國家稅收，建立所得稅負擔對國家財政之基本貢獻，爰針對所得較高，又享受停徵或免徵營利事業所得稅等各項租稅減免致繳納相對較低稅負或完全免稅之營利事業，課以最基本之稅負。營利事業如有所得稅法第4條之1及第4條之2規定停徵所得稅之證券及期貨交易所得或合於?勵規定之各項免稅所得，應依所得基本稅額條例之相關規定計算、申報及繳納營利事業基本稅額。
【舉例說明】甲公司106年度營利事業所得稅結算申報案，甲公司申報課稅所得額雖為0元，惟經查得其於當年度出售乙公司股票所產生之證券交易所得4,460萬元，甲公司於辦理結算申報計算基本所得額時，漏未申報該筆證券交易所得，致短漏報基本所得額及短漏基本稅額，違反所得基本稅額條例之規定，除補徵稅額529萬元外，並依該條例規定，按所漏稅額處2倍以下罰鍰。
營利事業辦理所得稅結算申報或決清算申報時，如有停徵所得稅之證券及期貨交易所得，仍應依規定列報並計算基本所得額，倘經查獲漏報或短報基本所得額致短漏稅額者，除應依法補稅外尚須受罰，不可不慎。