營利事業在計算基本所得額時，當年度如有證券及期貨交易所得及國際金融業務分行所得時，如個別加計項目有經稽徵機關核定之前5年損失可供扣除，應按所得基本稅額條例施行細則第5條第6項規定，依損失發生年度順序，逐年依序扣除，不能自行選擇扣除年度及金額。
所得基本稅額條例之立法目的，在使納稅義務人繳納最基本之稅額，以避免國家租稅減免規定，導致納稅義務人繳納之稅額偏低，甚至不用繳納稅額之不合理現象，但為求衡平，也准予減除該項所得經稽徵機關核定之5年內損失，不過，決定損失扣除之順序及遞延是有法令規定的。
【舉例說明】甲公司為投資公司，106年度營利事業所得稅申報課稅所得額為0，因當年度有出售持有滿3年的證券交易所得9,000萬元，故依所得基本稅額條例第7條規定計算基本所得額。甲公司在計算基本所得額時，將證券交易所得9,000萬元減除103年度出售證券交易損失1,600萬元，因係屬出售持有滿3年之股票，依規定以其餘額半數計入當年度證券交易所得3,700萬元，申報繳納基本稅額438萬元〔(基本所得額3,700萬元-50萬元)*12%〕。
甲公司104年度申報課稅所得額為虧損5,800萬元，也有出售持有滿3年的證券交易所得1,636萬元，在計算基本所得額時，直接將課稅所得額加計證券交易所得，申報基本所得額為虧損4,982萬元。但依規定，甲公司計算應計入基本所得額之證券交易所得時，必須要將當年度的證券交易所得1,636萬元先扣除103年度的證券交易損失1,600萬元，因此，該局認定甲公司103年度證券交易損失已於104年度扣除完畢，106年度已無餘額可扣除，核定甲公司106年度應計入基本所得額的證券交易所得為4,500萬元，應繳納基本稅額534萬元〔(基本所得額4,500萬元-50萬元)*12%〕，補徵稅額96萬元。
營利事業應依法令規定正確計算基本所得額(詳附表)，以免申報錯誤而遭補稅，影響自身權益。