本(108)年7月5日司法院釋字第779號解釋，土地稅法第39條第2項規定(下稱現行規定)，僅就依都市計畫法指定之公共設施保留地，免徵其土地增值稅；至非都市土地經編定為交通用地，且依法核定為公共設施用地者(下稱系爭範圍)，則不予免徵土地增值稅，與憲法第7條保障平等權之意旨不符，相關機關應於2年內，檢討修正土地稅法相關規定。該部90年11月13日台財稅字第0900457200號函(下稱90年函)應自該解釋公布之日起不再援用。
90年函釋非都市土地地目為道之交通用地，非屬依都市計畫法指定之公共設施保留地，於土地所有權移轉時，無免徵土地增值稅之適用。該部依司法院釋字第779號解釋，發布解釋令廢止該函，並自該解釋文發布日生效。惟現行土地稅法就移轉上開非都市土地之交通用地，仍無免徵土地增值稅規定之適用。該部刻就系爭範圍檢討修正土地稅法，於修法完成前，土地所有權人移轉非都市土地，按現況或依交通計畫編定為交通用地，究否均屬依法核定之公共設施用地，且為政府徵收範圍，尚須洽有關機關意見，為保障納稅義務人權益，其申報土地移轉現值並依法繳納土地增值稅後，得依稅捐稽徵法第35條規定，於繳納期間屆滿之翌日起30日內申請復查，稽徵機關將於修法完成後，另為適法之處分。
現行規定係考量都市土地如經指定為公共設施保留地，嚴重影響土地所有人之權益且地方政府徵收常延宕等因素，倘徵收前交易仍須繳納土地增值稅，有違最後徵收免繳之原意，爰規定免徵。解釋文指出，系爭範圍土地使用受限制，因政府之政策及法令其受不利影響之情形與都市土地相似，在土地增值稅之徵免上，理應等同處理。該部將在兼顧地方財政及租稅公平原則下，依該解釋意旨，通盤檢討修正土地稅法相關規定。