扣繳義務人於給付所得稅法第88條所定之各類所得時，應依規定扣繳率扣取稅款，並依同法第92條規定於期限內繳納扣繳稅款並申報扣繳憑單。
依所得稅法第88條及第92條規定，扣繳義務人之扣繳義務，包括扣繳稅款及申報扣繳憑單，扣繳義務人於給付薪資、利息、租金、佣金等各類所得時，應(1)於給付所得時據實依扣繳率扣取稅款；(2)於每月10日前將上1個月內所扣稅款向國庫繳清；(3)於次年1月底前申報扣繳憑單。惟若給付對象係非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之國外營利事業，扣繳義務人應於代扣稅款之日起10日內，將所扣稅款向國庫繳清，同時向所在地國稅稽徵機關申報扣繳憑單。扣繳義務人未依規定扣繳稅款，或雖已扣繳稅款惟未於法定期限內申報扣繳憑單，其事後雖補繳或自動補報扣繳憑單，仍應依相關規定處罰。
【舉例說明】甲君為A公司負責人，即所得稅法第89條所規定之扣繳義務人，該公司於107年4月2日（星期一）給付非中華民國境內居住之員工乙君薪資所得合計700,000元，扣繳義務人甲君雖已於給付所得當日扣繳稅款126,000元（扣繳率18%），惟未依所得稅法第92條第2項規定，於代扣稅款之日起10日內〔即107年4月11日（星期三）〕申報扣繳憑單，遲至108年1月31日始自動補申報，經以逾期申報扣繳憑單，依所得稅法第114條第2款及稅務違章案件減免處罰標準第6條第2項第4款規定處以罰鍰6,300元（126,000元×5%）。
扣繳申報制度係國家為掌握課稅資料，達成稅務行政目的，責成扣繳義務人於給付各類所得時，負有依所得稅法規定作為之義務，俾確保稅捐核課之正確性。從而，扣繳義務人於給付各類所得時，應注意依所得稅法相關規定，扣繳稅款並申報扣繳憑單，以免受罰。