最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業，申報適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減者，得選擇(1)於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，或(2)於支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額;上述二種方式擇一採用，一經擇定不得變更，惟仍應注意投資抵減上限，以不超過其當年度應納營利事業所得稅額30%為限。
【舉例說明】甲公司103年度營利事業所得稅結算申報案件時發現，該公司依產業創新條例第10條規定投資於研究發展之支出2,160萬元，選擇按研究發展支出金額15%，申報抵減當年度應納營利事業所得稅額324萬元（2,160萬元X15%），惟該公司當年度核定之應納營利事業所得稅額為740萬元，依前揭條例規定，得抵減之金額以不超過其當年度應納營利事業所得稅額30%為限，故其得抵減限額為222萬元（740萬元X30%），乃核定調減其投資抵減稅額102萬元（324萬元-222萬元）。
符合前述資格之公司或有限合夥事業申報適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減者，應注意法令規定之抵減上限，以免因不符規定，遭稽徵機關剔除補稅，影響自身權益。