房地合一課徵所得稅制度(以下簡稱房地合一新制)自105年1月1日起實施，營利事業出售105年1月1日以後取得或103年1月2日以後取得且持有期間在2年以內之房地，其房屋、土地交易所得額之計算，應減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；其交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。
營利事業如有出售房地時，應先依所得稅法第4條之4規定判斷是否適用房地合一新制。若屬房地合一新制適用範圍者，因於計算土地交易所得時已依所得稅法第24條之5第1項規定減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額，所繳納之土地增值稅，依同法條第2項規定不得列為成本費用。
【舉例說明】甲公司106年度營利事業所得稅結算申報，列報適用房地合一新制之房地交易所得120萬元，經查其所得之計算，係出售房地收入減除取得成本、必要費用及土地漲價總數額，惟其申報之必要費用中包含不得列為成本費用之土地增值稅50萬元，經該局剔除土地增值稅，調增課稅所得額50萬元，補徵稅額8.5萬元(50萬元*稅率17%）。
該局呼籲，營利事業如有出售房地，經判斷適用房地合一新制，應注意於申報計算土地交易所得時，已依規定減除「依土地稅法規定計算之土地漲價總數額」，不得再將土地增值稅列為成本費用，以免遭調整補稅。