總機構在中華民國境內之營利事業，其來自國外繳納之所得稅，如已取得合法納稅憑證者，可在限額內自其當年度營利事業所得結算應納稅額中扣抵。
依所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。
按所得稅法第3條第2項但書規定，納稅義務人列報依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵稅額，其法定要件為
1.已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅。
2.由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證。
3.取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證。該局於查核甲公司105年度營利事業所得稅結算申報案，該公司列報依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額1百餘萬元，惟該公司未能提示所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，核與上開規定不符，經該局剔除補稅。
特別提醒，營利事業在國外繳納之所得稅，記得取具合法納稅憑證，始可在限額內自其當年度營利事業所得結算應納稅額中扣抵，以免遭剔除補稅。