小規模營利事業依規定是不需要辦理營利事業所得稅結算申報，不過如於年度中改為使用統一發票商號，其營利事業所得應於次年5月1日至5月31日將免用統一發票期間之查定營業額合併開立統一發票之營業額一併辦理結算申報。其免用統一發票期間之實際營業額如經調查發現高於查定營業額時，應按其實際營業額認列。
國稅局近來審核是類案件時，發現部分商號所列報之營業收入，未將其於小規模營利事業時之查定營業額併入申報，導致漏報收入，遭國稅局補稅。
進一步說明，年度中改為使用發票之商號，辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，可將核定小規模營利事業期間之查定銷售額併計開立統一發票之營業額，按適用擴大書面審核實施要點規定之純益率標準計算所得額辦理申報。
惟若該商號有保存屬小規模營利事業期間相關證明所得額之帳簿、文據，亦可選擇採非適用擴大書面審核實施要點規定申報，即將屬小規模營利事業期間之查定銷售額併計開立統一發票之營業額列為全年度營業收入，就帳載資料依所得稅法及有關法令規定，減除各項成本費用、損失及稅捐之純益額為全年所得額。