為促使營利事業誠實申報所得稅，維護租稅公平，該局已訂定「運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業執行計畫」，並將自108年4月1日進行查核。請營利事業自行檢視帳簿憑證及申報資料，如有短漏報情形，儘速向所在地國稅局分局、稽徵所自動補報並補繳稅款，以免受罰。
本項作業係以營利事業有無取具非實際交易對象之統一發票，及銷貨未依規定開立統一發票漏報收入等情事為查核重點，運用營業稅資料庫查核系統與營利事業所得稅結算申報資料勾稽，針對異常案件進行查核。為避免營利事業因不諳所得稅法規定，致未依規定報繳稅款遭補稅甚至處罰，該局特別針對以往運用營業稅資料庫查核發現營利事業較常發生的違章或疏失型態提出說明，請營利事業重行檢視申報資料：
一、取具無交易事實或非實際交易對象的進項憑證：部分營利事業以涉嫌虛設行號或與其營業性質無關聯廠商開立的不實憑證，或取得大量小規模營利事業開立之普通收據充當進項憑證，虛列成本費用。
二、漏報營業收入或非營業收入：營利事業申報營業稅加值率偏低或累積留抵營業稅額偏高，涉有漏開銷貨統一發票或壓低銷售價格；另亦常因疏忽而發生短漏報外銷收入及海關退稅收入等情事。
三、漏進漏銷：部分營利事業因進貨未取具進項憑證，故亦漏報該進貨的銷貨收入，或雖取具進項憑證惟不入帳記載，致發生漏報銷貨收入及進貨成本情事。
特別呼籲，營利事業如有短漏報所得額情事，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，儘速按正確資料向轄區國稅局辦理更正申報，自動補繳所漏稅額並加計利息，可適用免罰規定。