依所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。所稱「會計帳冊簿據完備」，係指應依規定設置帳簿，並依法取得憑證。
進一步指出，公司組織之營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用盈虧互抵。特別提醒注意，適用短漏報情節輕微，前提要件是公司未以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐。
【舉例說明】
甲公司105年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額1,200萬元，經查核發現，甲公司105年度故意以不正當方法虛列營業成本600萬元致短漏所得稅稅額102萬元，雖短漏報課稅所得額600萬元占全年所得額20,000萬元之比例未超過5%，但因公司以不正當方法逃漏稅捐，無短漏報情節輕微規定之適用，不能享受前10年虧損於本年度扣除，經剔除補稅300餘萬元。
特別提醒，營利事業應誠實申報，如以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，不能適用以往年度虧損自本年度純益額中扣除之優惠規定，請營利事業多加注意。