107年2月7日修正公布所得稅法部分條文，刪除第42條第2項教育文化公益慈善機關或團體(以下簡稱機關或團體)因投資於國內營利事業，所獲配之股利或盈餘不計入所得課稅之規定，爰自107年1月1日起，機關或團體所獲配的股利或盈餘，應計入其所得額，並依所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅標準)規定徵、免所得稅。
進一步說明，機關或團體符合免稅標準第2條規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，依所得稅法第4條第1項第13款規定免納所得稅；為了避免影響機關或團體從事公益活動的財務能力，免稅標準第3條第1項又規定，機關或團體銷售貨物或勞務之所得，如銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出(以下簡稱不足支應數)時，得將該不足支應數自其銷售貨物或勞務之所得扣除後，再依法課徵所得稅。
機關或團體銷售貨物或勞務以外之收入，本應涵蓋股利或盈餘收入，較能允當衡量其財務能力，但107年2月7日修正公布前所得稅法第42條規定，機關或團體投資於國內營利事業所取得之股利或盈餘免計入所得額課稅，致銷售貨物或勞務以外之收入不含免稅股利收入，使得少數機關或團體銷售貨物或勞務以外之收入實際上本足以支應創設目的有關活動之支出，惟於扣除股利收入後，產生不足支應之情形，而得以該虛增不足支應數自銷售貨物或勞務之所得扣除，即產生銷售貨物或勞務實際有所得且無支應創設目的有關活動之必要，卻無須課稅之不合理情形，故107年2月7日修正公布後所得稅法刪除第42條第2項機關或團體獲配股利或盈餘不計入所得課稅之規定，以維護租稅公平。
【舉例說明】
符合免稅標準規定之甲財團法人，其銷售貨物或勞務以外之收入為500萬元(其中包括投資國內營利事業所獲配股利收入300萬元)，與創設目的有關活動之支出320萬元，並有銷售貨物或勞務之所得60萬元。該法人銷售貨物或勞務以外之收入(500萬元)足以支應創設目的有關活動之支出(320萬元)；惟修法前股利收入300萬元可自銷售貨物或勞務以外之收入減除，反虛增不足支應數120萬元【(500萬元–300萬元)–320萬元】，致課稅所得額為零(60萬元填補不足支應數120萬元後已無餘額可課稅)。修法後股利收入不得自銷售貨物或勞務以外之收入減除，尚無不足支應數，該銷售貨物或勞務之所得60萬元即全數為課稅所得額。
特別提醒，機關或團體因投資國內營利事業所獲配股利或盈餘已非屬當然之免稅收入，請確實依上開法令規定辦理，避免申報錯誤，影響自身權益。