跨境網路交易日益頻繁，外國營利事業利用網路或其他電子方式提供電子勞務予國內營利事業所收取之報酬，如屬我國來源所得，且該外國營利事業在我國境內無固定營業場所及營業代理人，我國營利事業應於給付報酬時，依所得稅法第88條及第92條規定辦理扣繳及憑單申報。
自106年度起，外國營利事業跨境銷售電子勞務予我國營利事業，所取得之我國來源收入，應依下列規定辦理：
一、由扣繳義務人於給付時，按「給付額」的20%扣繳率扣繳稅款，並填報非境內居住者專用扣繳憑單辦理申報。
二、外國營利事業向稽徵機關申請並經核定其適用之淨利率及境內利潤貢獻程度者，得以我國來源收入依該淨利率及貢獻程度計算所得額，由扣繳義務人按20%扣繳率扣繳稅款，並填報「營利事業所得稅扣繳憑單(外國營利事業跨境銷售電子勞務專用)」辦理申報。
三、外國營利事業已被扣繳之稅款與經稽徵機關核定之淨利率或境內利潤貢獻程度計算之應扣繳稅款不同，而有溢繳之扣繳稅款者，得自取得收入之日起5年內，自行或委託代理人填寫「跨境銷售電子勞務之外國營利事業申請退還溢扣繳稅款申請書」，並檢附商業發票或所得計算證明文件、扣繳憑單備查聯等文件，向稽徵機關申請退稅；委託代理人申請者，請務必檢附所得人出具之授權書。
【舉例說明】
外國營利事業Ａ公司取得我國營利事業甲公司給付其跨境銷售電子勞務之收入新臺幣100,000元，甲公司於給付時，先按20%之扣繳率扣繳稅款20,000元，嗣A公司申請並經稽徵機關核准適用之淨利率30%、境內利潤貢獻程度100%，則應扣繳稅款為6,000元(100,000元×淨利率30%×境內利潤貢獻程度100%×扣繳率20%)，A公司可委託代理人申請退還溢繳之扣繳稅款14,000元〔20,000元-6,000元〕；如果A公司於甲公司給付報酬前，事先申請並經稽徵機關核准適用之淨利率30%、境內利潤貢獻程度100%，則甲公司於給付時即可依規定扣繳稅款6,000元(100,000元×30%×100%×20%)。