信用卡發卡機構收取之「交換手續費」，係特約商店為完成持卡人交易行為而向發卡機構或收單機構購買勞務所負擔之費用，如由收單機構向特約商店收取，再以約定比率將該款項於清算時轉付發卡機構者，該類費用負擔者為特約商店，不論於國內或國外交易均會產生，爰就相關營業稅核課事宜，於今(107)年10月3日發布解釋函令(下稱本令)，以利徵納雙方遵循。
國內發卡機構取得國外收單機構代收轉付國外特約商店支付之交換手續費，屬在我國境內提供而在國外使用之勞務，得依加值型及非加值型營業稅法(下稱營業稅法)第7條第2款及同法施行細則第11條第2款規定，檢具外匯證明文件或國內清算機構、國際信用卡組織核帳報表，申報適用零稅率。同理，國外信用卡發卡機構收取國內收單機構轉付國內特約商店支付之交換手續費，屬銷售勞務予我國營業人之報酬，參照該部101年10月15日台財稅字第10100186270號令規定，國內收單機構如於其與特約商店合約或相關收款憑證內載明，其交換手續費得按代收代付辦理者，由國內特約商店依營業稅法第36條規定報繳營業稅；未符上開規定者，國內收單機構應就其向特約商店收取全部費用及其支付國外發卡機構之交換手續費，分別依營業稅法第35條及第36條規定報繳營業稅。
進一步說明，鑑於徵納雙方對於國內、外之交換手續費性質均未臻明瞭，基於愛心辦稅，國內特約商店及國內收單機構於108年1月15日前未依本令規定報繳者，主管稽徵機關應積極輔導，免依營業稅法第51條及稅捐稽徵法第44條規定處罰；至本令發布日前尚未核課確定案件或據以申請釋示之原因案件，適用本令有溢繳稅款情事者，准予退還。