營業人遺失統一發票時，可分別按下列規定辦理：
一、 遺失空白未使用之統一發票，應立即敘明原因及遺失之統一發票種類、字軌號碼，向主管稽徵機關申報核銷。
二、 遺失已開立統一發票存根聯，如取得買受人蓋章證明之原收執聯影本者，得以收執聯影本代替存根聯。
三、 遺失統一發票扣抵聯或收執聯，如取得原銷售營業人蓋章證明之存根聯影本，或以未遺失聯之影本自行蓋章證明者，得以影本替代扣抵聯或收執聯作為進項稅額扣抵憑證或記帳憑證。
進一步說明，如原銷售營業人依「財政部獎勵開立統一發票績優營業人實施要點」第6點第2款規定，以收銀機日報表及統一發票明細表存查聯替代收銀機存根聯加以保存，致買受人無法取得存根聯之影本替代收執聯及扣抵聯，作為記帳及扣抵之憑證時，得由原銷售營業人出具證明書敘明事實暨依據，檢附收銀機日報表及統一發票明細表影本，並加蓋統一發票專用章及負責人章，供買受人作為記帳及扣抵之憑證。