因網路跨境交易日益頻繁，外國營利事業利用網路或其他電子方式提供電子勞務予國內營利事業所收取之報酬，如屬我國來源所得，且該外國營利事業在我國境內無固定營業場所及營業代理人，我國營利事業應於給付報酬時，依所得稅法第88條及第92條規定辦理扣繳及憑單申報。
自106年度起，外國營利事業跨境銷售電子勞務取得我國來源收入，經扣繳義務人按給付額依規定之20%扣繳率扣取稅款，嗣後該外國營利事業向稽徵機關申請核定適用之淨利率及境內利潤貢獻程度，致其已被扣繳之稅款與經稽徵機關核定之淨利率或境內利潤貢獻程度計算之應扣繳稅款不同，而有溢繳之扣繳稅款者，該外國營利事業得自取得收入之日起5年內，自行或委託代理人填寫「跨境銷售電子勞務之外國營利事業申請退還溢扣繳稅款申請書」，並檢附商業發票或所得計算證明文件、扣繳憑單備查聯等文件，向扣繳義務人所在地主管稽徵機關申請退稅；委託代理人申請者，尚須檢附授權書。
【舉例說明】
外國營利事業Ａ公司106年取得我國營利事業B公司給付其跨境銷售電子勞務之收入新臺幣100,000元，B公司於給付時，先按20%扣繳率扣取稅款20,000元，嗣A公司申請並經稽徵機關於107年2月核准自106年1月起3年內適用之淨利率30%、境內利潤貢獻程度100%，因此A公司應扣繳稅款為6,000元(100,000*30%100%*20%)，遂委託代理人申請退還溢扣繳稅款14,000元(20,000-6,000)；另B公司107至108年度給付A公司時，即可按適用之淨利率30%計算應扣繳稅款。
進一步說明，截至107年7月31日，我國已與32個國家簽署全面性租稅協定，依據所簽署租稅協定第7條規定略以，一方領域之企業，除經由其於他方領域內之常設機構從事營業外，其利潤僅由該一方領域課稅。是以，跨境銷售電子勞務之外國營利事業申報所得稅時，應注意其所在國家是否與我國簽署全面性租稅協定，如其在我國境內無常設機構或未經由該常設機構透過網路或其他電子方式銷售電子勞務，所取得之中華民國來源收入，可自行或委託代理人，填寫「外國營利事業申請適用租稅協定營業利潤免稅申請書」，並檢附所在國稅務機關出具之居住者證明、合約書影本、委任書、所得相關證明，併同於申報納稅時申請適用各協定第7條營業利潤相關減免規定，或另案申請適用。一旦核准後，得由外國營利事業或委託代理人(亦得委託扣繳義務人)就核准期間內已申報繳納或已扣繳之稅款，申請退還原溢扣繳稅款。