為維護租稅公平，國稅局已蒐集境外電商交易的金流資料，將自107年10月1日起啟動調查，境外電商如有未申報或短漏報繳稅款情事，將依規定處罰。
在我國無固定營業場所而有利用網路銷售電子勞務予境內自然人，年銷售額逾新臺幣48萬元之境外電商，自106年5月1日起，應於我國辦理稅籍登記及報繳營業稅。為掌握稅源並瞭解境外電商是否覈實報繳營業稅，該局已蒐集金流資料與境外電商申報銷售額進行查對，基於愛心辦稅原則，目前以輔導方式予以自動補報補繳之機會，陸續已有11家自動補報繳，補申報銷售額合計16億2,575萬餘元，補繳營業稅合計8,128萬餘元。
進一步說明，境外電商跨境銷售電子勞務予境內自然人，取得之我國來源收入，應自行或委託代理人於107年5月1日起至5月31日止，辦理106年度營利事業所得稅申報，惟尚有部分境外電商尚未辦理申報繳稅，提醒境外電商及其稅務代理人儘速於107年9月30日前自動補報補繳營利事業所得稅，並自我檢視營業稅申報資料，如發現短漏報銷售額及稅額者，請儘速自動補報補繳稅款，以免遭補稅處罰。
稽徵機關已積極輔導境外電商自108年1月起開立雲端發票，雖108年1月1日起至同年12月31日止為輔導期，境外電商業者未依統一發票使用辦法規定開立雲端發票者，得暫免依加值型及非加值型營業稅法第48條、第52條及稅捐稽徵法第44條規定處罰，惟自109年1月1日起，如未開立雲端發票者，將依法處罰。該局呼籲境外電商儘速完成與財政部電子發票整合服務平台系統介接，開立雲端發票，避免未來因消費者無法取得雲端發票而產生糾紛。