教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體) 以往年度如有保留結餘款，請自行檢視是否確實依所訂使用計畫執行，如有不可歸責之原因致未依計畫使用情事，應儘速向主管機關提出申請變更使用計畫。
機關團體各年度所得稅結算申報案件，其用於與創設目的有關活動之支出未達基金之每年孳息及其他各項收入之60%，已報經主管機關依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」(以下簡稱免稅標準)第2條第1項第8款第2目規定，查明同意之結餘款使用計畫，嗣後若與原使用計畫支出項目、金額不符，或未於期間內執行完竣，或其支用有不符合免稅標準相關規定之情形者，稽徵機關將依免稅標準第2條第5項規定，就「全部」結餘款依法核課所得發生年度之所得稅。
為避免機關團體結餘款未依計畫使用而遭依法核課所得稅，請機關團體詳加檢視結餘款是否確實依計畫使用，如有未能依計畫使用之情事，請依免稅標準第2條第4項規定，於原使用計畫屆滿之次日起算3個月內檢附變更後之使用計畫送主管機關查明同意，且變更前、後之使用計畫所定結餘款用於與創設目的有關活動支出之期間合計仍以4年為限。
【舉例說明】
某基金會105年度結算申報其用於與創設目的有關活動之支出未達各項收入60%，就當年度結餘款編列用於106年度至107年度之使用計畫，並於105年度依免稅標準第2條第1項第8款第2目規定報經主管機關查明同意在案。嗣後該基金會若與原報經同意之結餘款使用計畫支出項目、金額不符，或未於期間內執行完竣，應於108年3月31日前申請變更，且變更後之使用計畫所訂結餘款用於與創設目的有關活動支出之最後年度為109年度。
特別提醒，各機關團體應注意免稅標準之規定，如有結餘款未依原訂計畫使用之情形，應於原使用計畫屆滿之次日起算3個月之期限內向主管機關提出變更使用計畫申請，以免因逾期提出申請而遭稽徵機關補稅，以維護自身權益。