自104年1月1日起營利事業併同股利或盈餘淨額分配予我國境內居住之個人股東之可扣抵稅額，如有所得稅法第114條之2規定超額分配之情事者，稽徵機關應以股利或盈餘淨額依稅額扣抵比率計算金額之半數與實際分配之可扣抵稅額金額之差額，計算超額分配應補稅額及裁罰基礎。
進一步說明，鑑於自104年1月1日起兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制實施後，營利事業可分配予我國境內居住之個人股東之可扣抵稅額，已修正為按股利淨額依稅額扣抵比率計算金額之半數，其餘半數則不得分配，故稅捐稽徵機關於計算超額分配應補稅額及裁罰基礎時，應將不得分配之半數排除在外。營利事業依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動向稅捐稽徵機關補報並補繳超額分配稅款者，亦應依上開規定計算應補繳稅款，並得於補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶。
【舉例說明】
假設甲公司股東皆為本國個人股東，104年度分配股利淨額1,000,000元適用之稅額扣抵比率為28.70%，超過依規定計算之稅額扣抵比率26.70%，致產生超額分配情形並應依所得稅法第114條之2第1項規定按超額分配之金額處1倍以下之罰鍰，有關超額分配應補稅額及裁罰基礎計算如下：
A.分配股利淨額1,000,000元×實際分配稅額扣抵比率28.70%×50%＝實際分配之可扣抵稅額143,500元
B.分配股利淨額1,000,000元×依規定計算之分配稅額扣抵比率26.70%×50%＝應分配之可扣抵稅額133,500元
C.實際分配之可扣抵稅額143,500元－應分配之可扣抵稅額133,500元＝超額分配應補稅額10,000元
該局呼籲，營利事業自104年1月1日起兩稅合一股東可扣抵稅額減半制度實施後，計算補報並補繳超額分配稅款時，請注意所得稅法相關規定，以免影響自身權益。