財政部表示，自104年1月1日起，營利事業併同股利(或盈餘)淨額分配予我國境內居住之個人股東之可扣抵稅額，如有所得稅法第114條之2規定超額分配之情形者，稽徵機關應以股利(或盈餘)淨額依稅額扣抵比率計算金額半數與實際分配之可扣抵稅額金額之差額，計算超額分配應補稅額及裁罰基礎。
財政部說明，鑑於兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制自104年1月1日實施後，營利事業可分配予我國境內居住之個人股東之可扣抵稅額，已修正為按股利淨額依稅額扣抵比率計算金額之半數，其餘半數則不得分配，故稽徵機關於計算超額分配應補稅額及裁罰基礎時，應將不得分配之半數排除在外，以符實際。該部將於近日發布解釋，以利徵納雙方遵循。
財政部提醒，兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制實施後，營利事業如有超額分配可扣抵稅額之情形，自動依稅捐稽徵法第48條之1規定，向稅捐稽徵機關補報並補繳超額分配稅款者，亦應依上開規定計算應補繳稅款，並得於補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶；經核定超額分配應補繳稅額，於實際繳納日亦可計入股東可扣抵稅額帳戶。