考量原兩稅合一完全設算扣抵制度，對於所得分配之改善無明顯助益，且每年造成國庫稅收損失，影響財政健全，為改善所得分配並適度提高高所得者對社會之回饋，參考國際稅制改革趨勢並衡酌我國經濟財政狀況，已於103年6月4日修正兩稅合一「完全設算扣抵制」為「部分設算扣抵制」。
上述修正主要係針對我國境內居住之個人股東(社員)獲配股利(盈餘)淨額之可扣抵稅額，調整為原可扣抵稅額之半數；至於非我國境內居住股東(社員)獲配之股利(盈餘)淨額中屬已加徵10%營利事業所得稅部分之稅額，亦一併修正為僅得以其半數抵繳該股利(盈餘)淨額之應扣繳稅額。又依修正後所得稅法第126條規定，上述涉及股東獲配股利或盈餘之可扣抵稅額計算之規定，自104年1月1日施行，即營利事業分派股息及紅利之分配日於104年1月1日以後者，應適用修正後之規定。
提醒營利事業，雖股東(社員)獲配股利(盈餘)淨額之可扣抵稅額減半，但依所得稅法第66條之4規定，營利事業分配股利(盈餘)時，應自股東可扣抵稅額帳戶餘額減除之金額，為依同法第66條之6規定之稅額扣抵比率計算之金額減除，而非以減半之金額減除。
【舉例說明】
甲公司於104年6月20日(分配日)分配股利淨額1000萬元予股東(全部為中華民國境內之個人股東)，甲公司於該日之稅額扣抵比率為20%，則甲公司股東可扣抵稅額帳戶應減除之金額及股東可扣抵稅額計算如下：
股東可扣抵稅額帳戶減除金額=股利淨額1000萬元╳稅額扣抵比率為20%=200萬元
股東可扣抵稅額=股利淨額1000萬元╳稅額扣抵比率20%╳50%?=100萬元
營利事業在計算股東可扣抵稅額帳戶各項計入及減除項目時，應注意所得稅法、同法施行細則及相關函釋之規定，以免因違反相關規定而受罰。