營利事業出售屬所得稅法第4條之1規定之股票，其證券交易所得減除股票交易損失餘額為正數者，雖可免納所得稅，但應計入當年度基本所得額，其中出售之股票持有期間滿3年者，得以減除當年度出售該持有滿3年股票交易損失後之正數餘額之半數計入，而其持有期間之計算，採先進先出法核算。
【舉例說明】A公司分別於106年1月1日及108年7月1日以每股80元購入B公司股票10萬股及30萬股，嗣於109年3月1日以每股100元出售B公司股票15萬股，按先進先出法計算持有期間，其中10萬股係出售106年1月1日所購入的股票，屬持有期間滿3年以上，可適用減半計入基本所得額之證券交易所得為200萬元〔（100元－80元）×10萬股〕；其餘5萬股係出售108年7月1日所購入的股票，屬持有期間未滿3年，不可適用減半課稅規定，因此證券交易所得100萬元〔（100元－80元）×5萬股〕應全數計入基本所得額。A公司110年5月辦理109年度基本稅額申報時，其應計入基本所得額之證券交易所得為200萬元〔（200萬元/2）+100萬元〕。
營利事業欲享有證券交易所得減半課稅之優惠，應備妥股票完整進銷交易紀錄，以維自身權益。