藥局經稽徵機關核定使用統一發票，銷售非處方箋用藥，應依法開立統一發票報繳營業稅。
加值型及非加值型營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務，應依法課徵營業稅。又依同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，藥師提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍，但藥局如有兼賣成藥或一般用品，則應依法辦理稅籍登記，課徵營業稅。
經核定使用統一發票之藥局銷售一般成藥、保健食品或其他貨物，應依法開立統一發票與買受人，並報繳營業稅；至藥局依醫師處方箋從事藥品調劑、供應業務之收入，屬執行業務者提供專業性勞務收入，非屬營業稅課稅範圍，則毋須開立統一發票。
經稽徵機關核定使用統一發票之藥局，銷售一般用品或非處方箋用藥，應確實依規定開立統一發票，若一時疏忽，有漏未開立發票情形，在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，請儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，向所轄稽徵機關補報並補繳所漏稅款，以免受罰。