合於所得稅法第11條第4項之教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關或團體) 投資國內其他營利事業所獲配股利或盈餘，非屬所得稅法第42條規定之轉投資收益免稅適用範圍，應計入其銷售貨物或勞務以外之收入，依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」(以下簡稱免稅標準)規定徵免所得稅。
107年2月7日所得稅法修正刪除第42條第2項有關機關或團體有上開股利或盈餘，不計入所得額課稅之規定，惟該局於查核機關或團體107年度結算申報時發現，部分機關或團體不諳前開修正規定，仍將獲配國內其他營利事業之股利收入視為免稅，而未計入銷售貨物或勞務以外之收入，導致依免稅標準第2條第1項8款規定計算支出比例（即用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入60%)時，誤以為支出比例已達60%，而未編列結餘款使用計畫向主管機關申請核准，以致不符合免稅規定。
【舉例說明】財團法人A基金會108年度銷售貨物或勞務以外收入100萬元及當年度獲配股利收入50萬元，而與創設目的有關的活動支出為65萬元，該基金會於計算支出比例時未將股利收入併計收入，認為其支出比例65%［65萬元/100萬元］，已高於免稅標準第2條第1項8款規定之60%支出比例，而未編列結餘款使用計畫向其主管機關申請核准。經正確核算A基金會當年度實際支出比例僅有43%［即創設目的有關的活動支出為65萬元/（銷售貨物或勞務以外收入100萬元+獲配股利收入50萬)］，且結餘款超過50萬元應編列結餘款使用計畫向主管機關申請核准，否則將不符合免稅規定，應就全部結餘款課稅。