「109年度營利事業所得稅電子結（決）算申報繳稅系統」軟體已於110年4月16日公布在「財政部電子申報繳稅服務網站(https://tax.nat.gov.tw)」，提供各營利事業下載安裝。
新版申報程式除配合109年度營利事業所得稅結算申報書修改外，另依財政部109年11月25日台財稅字第10904629980號令規定，營利事業受嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響，自政府領取之各項補助，應列為取得年度之免稅收入，其必要成本及相關費用得核實認列，無須個別歸屬或分攤於該免稅收入。因此，符合一百零九年度營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點之營利事業取得政府補助後，帳載結算金額之「全年所得額（申報書第53欄位）」有可能大於自行依法調整後金額，惟此類案件仍適用擴大書審申報，故申報程式於申報資料時增加3個選項：
1. 未領取政府補助。
2. 非屬嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條之1第1項之補助。
3. 屬嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條之1第1項之補助。
若是選擇「3.屬嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條之1第1項之補助」者，仍可以擴大書審案件進行申報。